El comienzo de Medal of Honor Allied Assault traslada al jugador a las salas de Guerra del Gabinete de Whitehall, Londres, desde donde se le enviará a diversas campañas, cada una de ellas con objetivos específicos de infiltración, ejecución y huida. Las misiones tendrán como escenarios los desiertos del norte de África, las peligrosas costas de Francia, la tundra de Noruega y, por último, el Rin en el corazón de la Alemania nazi. Estas misiones incluyen silenciar las baterías armadas de Port Arzew, sabotear submarinos en los astilleros de Trondheim, sobrevivir al desembarco en Omaha Beach, o conquistar el puente Ludendorff en Remagen, la única batalla en la que los alemanes usaron sus temibles cohetes V2 en una operación táctica.
Ambientado en los años más duros de la guerra, entre 1942 y 1945, Medal of Honor Allied Assault™ permite a los jugadores hacerse una idea del valor necesario para sobrevivir al desembarco de Normandía o al asalto de Arzew, o del riesgo que conlleva mantener una cita con la resistencia a las afueras del pueblo de St. Lo o avanzar a través de la excelentemente defendida frontera con Alemania para conquistar el puente de Remagen.
