La principal innovación de SWAT 3: Elite Edition es la inclusión del modo multijugador con el que hasta 5 jugadores pueden participar en una misma partida a través de red, red de área local (LAN) o con conexión a Internet. Existen tres clases diferentes de partidas multijugador (Cooperativo, Combate a muerte y Competitivo) que se pueden jugar en dos modos diferentes (Cargas de pintura y Fuego real)
Además del nuevo modo multijugador, Swat 3: Elite Edition incluye seis nuevas misiones de juego individual; nuevas armas de fuego, sistemas de seguimiento y tipos de munición y 100 nuevos personajes
